1990-cı illərin əvvəllərində Akademik Milli Dram Teatrının rəhbərliyi tərəfindən Amaliya Pənahovaya qarşı haqsızlıq oldu.
O vaxt teatrın rəhbəri mərhum Həsənağa Turabov idi. Turabov o vaxt istedadlı aktyorları kütləvi şəkildə teatrdan çıxardı. Leyla Bədirbəyli, Sofa Bəsirzadə, Məhluqə Sadıqova, Zərnigar Ağakişiyeva, Səfurə İbrahimova, Məlik Dadaşov kimi aktyorlara haqsızlıq oldu. Onlardan da biri Amaliya Pənahova idi.Kult.az xəbər verir ki, bu sözləri Aznyus.az-a müsahibəsində əməkdar artist Əli Nur deyib. O bildirib ki, Amaliya Pənahova çox qürurlu qadın idi, ona qarşı ittihamlarla barışmadı, 1990-cı ilin əvvəlində səhnəni tərk etdi:
“Həsənağa Turabov ən ağır zərbəni Amaliya xanıma vurdu. O, həyatından çox sevdiyi teatrdan ayrıldı. Həmin vaxt Akademik Milli Dram Teatrının səhnəsi Amaliya xanımın adı ilə bağlı idi. Amaliya xanım silsilə rollar oynamışdı, tamaşaçılar onu çox istəyirdi. Əlacsız qaldı, məcbur olub Bakı Bələdiyyə Teatrını yaratdı, ömrünü orada başa vurmağa qərar verdi. O, sığındığı teatrı vətənpərvər bir mədəniyyət ocağına çevirdi. Həmin teatr Azərbaycan sərhədindən çox-çox uzaqlarda da sevildi. Teatr Türkiyədə, İranda, Rusiyada qastrol səfərlərində oldu, yaxşı tamaşalar nümayiş etdirdi. Amaliya xanım aktrisa kimi öz şöhrətindən istifadə edib həmin teatrı daha da möhkəmləndirdi. Bu yaxınlarda Azərbaycan Cümhuriyyətinin 100 illiyinə həsr olunmuş yubiley mərasimində yeganə teatr olaraq möhtəşəm tamaşa ilə çıxış etdi. Oktyabrın 30-da həmin tamaşa Akademik Milli Dram Teatrının səhnəsində nümayiş olundu”.
Əli Nur qeyd edib ki, Amaliya Pənahova Akademik Milli Dram Teatrından acıq edib gedəndə kollektiv onu qaytarmağa cəhd eləməyib:
“Bizim də bu məsələdə müəyyən qədər günahımız oldu. Onu qaytarmaq lazım idi. Mən özüm onunla dəfələrlə müzakirə apardım. Minnət də elədik. Onu sındırdılar, Amaliya xanıma qarşı çox haqsızlıqlar etdilər. Həmin dövrdə Azərbaycan sahibsiz idi. Heydər Əliyev hakimiyyətə gələndən sonra Amaliya xanımın qiyməti verildi. Ona haqsızlıqlar olan ərəfədə teatr başlı-başına buraxılmışdı. Hərə özünü bir padşah elan edirdi. Həmin dövrdə hər bir idarə rəhbəri elə bilirdi əbədidir, özündən savadlı adamlara haqsızlıqlar edirdi. Həmin haqsızlıqların qurbanlarından biri də Amaliya Pənahova idi”.
Əməkdar artistin sözlərinə görə, Amaliya Pənahova o vaxtdan Akademik Teatra ayaq basmayıb:
“O vaxtdan bəri Akademik Teatrda nə qədər tədbirlər keçirildisə, Amaliya Pənahova hamısına dəvət olundu, amma o, bir dəfə də olsun, bu qapıdan girmədi. Sonuncu dəfə isə Amaliya bu səhnəyə çiyinlərdə gəldi. Öz arzuladığı rolu oynadı və çiyinlərdə də getdi”.